Sa ilalim ng patronahe ng Nuestra Señora de la Paz y Buen Viaje (Mahal na Birhen ng Kapayapaan at Mabuting Paglalakbay), ang Simbahan ng Antipolo ay itinaas sa antas ng Katedral. Pinasinayaan ito ng kanonigong pagkakatatag bilang ganap na Diosesis ng Antipolo. Si Bishop Protacio Gungon ang unang Obispong nanungkulan hanggang noong Oktubre 18, 2001. Hinalinhan siya ni Bishop Crisostomo Yalung, at pagkatapos ay nina Bishop Gabriel Reyes, at ni Francisco Mendoza de Leon sa kasalukuyan.

Itinatag ang Diosesis ng Antipolo sa araw ng kinabukasan ng Kapistahan ng Patrong San Juan ng Taytay. Sadyang itinadhana na ihanda ng Taytay ang daraanan para sa Shrine ng Ina ng Agnus Dei sa Antipolo. Unang naging istasyon ng Misyon ang Simbahang itinatag sa tabing-lawa ng Laguna de Bay sa Taytay. Saka ito umahon ito paakyat sa bulubundukin ng Antipolo, at sa iba pang bayan-bayan sa paanan ng Bundok Sierra Madre patungong Bundok San Cristobal at Banahaw sa gawing La Laguna at Tayabas (Quezon).  

Ang Taytayeño ay patuloy na lumago sa pananampalataya. Mula sa orihinal na Parokya ni San Juan Bautista noong 1579-1583 ay lumikha pa ito ng mga bagong Parokya upang mapamahalaan ang lumalagong bilang ng pamayanang mananampalataya. Nalikha ang Christ the King Parish sa Brgy. Muzon noong 1984, San Lorenzo Ruiz sa Brgy. San Juan noong 1992, San Antonio de Padua sa isang subdivision ng Brgy. San Isidro noong 1997, Mary the Queen Parish sa Meralco Village noong 2002, sa Sitio Simona sa duluhan ng boundary ng Brgy. San Isidro na napasakop sa St. Arnold Janssen Parish Shrine ng Cainta noong 2003.

Ang poblacion ay nanatiling nasa ilalim ng Parokya ni San Juan Bautista. Kabilang dito ang mga Chapels ng Barangay Santa Ana, San Isidro, San Juan at Dolores. Nasasakupan pa rin ng Parokya ang mga Chapels sa mga subdivisions ng Greenheights, Palmera, Maharlika, Liwayway, Hapay na Mangga, Cabrera, at maraming iba pa.

Viva San Juan Bautista!
Viva La Virgen de Antipolo!