Ang Taytay bilang pueblo o bayan ay itinatag noong 1579. Itinayo ang unang simbahang yari sa mahihinang materyales na nasa isang mataong lugar na malapit sa gilid ng Laguna de Bay. 

Ang Taytay ay nagkaroon ng juridical entity at tukoy na teritoryo na naging saklaw ng Visita Santa Ana de Sapa ng Misyong Franciscano. Ganito ang pagkakalikha (inception) ng bayan at Simbahan ng Taytay.

Si Padre Juan de Plasencia, isang Franciscano, ang founder ng unang komunidad ng Taytay. Hunyo ng taon ding iyon ng 1579 ay pansamantalang humalili sa kaniya si Padre Pedro Alfaro bilang pinuno ng Misyong Franciscano. 

Makalipas ang ilang buwan, si Padre de Plasencia ay pinalitan naman ni Padre Pablo de Jesus noong 1580. Sa pamamahala ni Padre de Jesus ay naipatupad ang pagdedestino ng unang grupong Franciscano sa China. Kasunod namang lumago ang Simbahan ng Taytay sa antas ng Parokya at si Padre de Jesus ang naging kura paroko noong 1583. Pormal na itinanghal na patron ng Taytay si San Juan Bautista.

Sa maagang yugtong ito ng pagkakatatag ng Taytay ay sabay-sabay ang mga tungkulin, mabilisan ang kilos at palitan-ng-puwesto ng mga misyonerong Franciscano.

Muling naging pinunong Franciscano si Padre de Plasencia noong Mayo 23, 1584 hanggang sa pumalit sa kaniya noong 1588 si Padre (San) Pedro Bautista, ang founder ng Simbahang Quiapo na ang patron din ay si San Juan Bautista.

Sa kabila ng katandaang edad ni Padre de Plasencia ay masigasig niyang naorganisa at naitatag ang mga bayan ng Tayabas, Lucban, Calilaya [sa probinsya ngayong Quezon], ng Mahayhay, Nagcarlang, Lilio (Liliw), Pila, Santa Cruz, Lumbang, Pangil, at Siniloan [sa Laguna], ng Morong, Antipolo, at Taytay [sa Rizal], at ng Meycawayan [sa Bulacan].”

Si Padre de Plasencia ay sumakabilang-buhay noong 1590 sa Liliw, Laguna na isa rin sa mga bayang kaniyang itinatag. At si San Juan Bautista rin ang kanilang patron.

1591 nang isalin ng mga Franciscano sa Misyong Jesuita ang pamamahalang-ekleksiyal ng Taytay, kabilang na ang annex nitong Cainta.